مقدمه ناشر ۵

پیشگفتار ۱۱

فصل ۱: باکتریوفاژ و فاژدرمانی ۱۳

۱-۱ تعریف و چیستی باکتریوفاژ ۱۳

۱-۲ اهمیت فاژدرمانی ۱۴

فصل ۲: مبانی نظری و پیشینه تحقیقاتی ۱۷

۲-۱ اجزا و ساختار باکتریوفاژ ۱۷

۲-۲ بررسی نظری نحوه عملکرد باکتریوفاژ و فاژدرمانی ۱۹

۲-۳ تاکسونومی و طبقه‌بندی باکتریوفاژها ۲۵

۲-۴ تاریخچه و تکامل فاژدرمانی ۲۷

فصل ۳:  بررسی کاربردی فناوری فاژ و فاژدرمانی ۲۹

۳-۱ کاربردهای باکتریوفاژ ۲۹

۳-۲ کاربردهای مورد تصور در آینده‌ ۳۴

۳-۳ نمونه‌های تجاری موفق محصولات مرتبط با باکتریوفاژ ۳۷

فصل ۴: مطالعه ساختار، عملکرد و تکامل باکتریوفاژ ۴۱

۴-۱ جزئیات ساختاری باکتریوفاژها ۴۱

۴-۲ حرکت فاژها و نحوۀ آلوده‌سازی باکتری‌ها ۴۵

۴-۲-۱ حرکت فاژها ۴۸

۴-۲-۲ آلوده‌سازی باکتری‌ها ۴۹

۴-۲-۳ اتصال برگشتپذیر ۵۰

۴-۲-۴ اتصال برگشتناپذیر ۵۲

۵-۲-۴ ایمنی یوکاریوت‌ها نسبت به باکتریوفاژها ۵۸

۴-۳ انواع عفونت‌های باکتریوفاژی: سازنده، کاهشی و تخریبی ۵۹

۴-۳-۱ عفونت‌های سازنده باکتریوفاژ ۵۹

۴-۳-۲ عفونت‌های کاهنده یا کاهشی باکتریوفاژ ۶۰

۴-۳-۳ عفونت‌های تخریبی باکتریوفاژ ۶۱

۴-۴ تکامل همراه باکتریوفاژ-باکتری ۶۳

۴-۴-۱ مکانیسم‌های مقاومت باکتریایی نسبت به باکتریوفاژ لیتیک و مقابله فاژ با آن ۶۳

۴-۴-۲ ملاحظات تکاملی در فاژدرمانی ۷۲

فصل ۵: بررسی بوم‌شناختی و ایمنی‌شناختی ۷۷

۵-۱ مطالعات بوم‌شناسی ۷۷

۵-۱-۱ شیوع باکتریوفاژ در محیط زیست ۷۸

۵-۱-۲ توزیع باکتریوفاژ در محیط ۸۰

۵-۱-۳ دوام ویریون فاژی ۸۱

۵-۱-۴ میل اتصالی ویریون ۸۳

۵-۱-۵ اندازه انفجار باکتریوفاژها ۸۴

۵-۱-۶ کشتن برنده [۳۱] ۸۵

۵-۱-۷ فاژها و باکتری‌های بیوفیلم‌ساز [۳۱] ۸۶

۵-۱-۸ باقیمانده‌های باکتریایی ۸۸

۵-۲ مطالعات ایمنی‌شناختی ۸۹

۵-۲-۱ ملاحظات ایمنی در انتخاب فاژ برای فاژ درمانی ۹۰

۵-۲-۲ جمع‌بندی ملاحظات ایمنی ۹۴

۵-۲-۳ درمان غیرفعال در مقابل درمان فعال ۹۵

۵-۲-۴ سرنوشت فاژدرمانی با توسعه آنتی‌بیوتیک‌های جدید ۹۷

فصل ۶: مطالعات فنی اکتشاف باکتریوفاژ ۹۹

۶-۱ روش‌های اکتشاف باکتریوفاژ ۹۹

۶-۱-۱ تکنیک‌های اصلی جداسازی فاژ ۹۹

۶-۱-۲ آزمون نقطهای یا Spot assay یا direct spot assay ۱۰۳

۶-۱-۳ افزایش غلظت فاژها ۱۰۵

۶-۱-۴  تولید ایزوله‌های خالص ۱۰۷

۶-۱-۵ خالص‌سازی لیزات و ذخیره‌سازی فاژهای جدا شده ۱۰۸

۶-۲ مکان‌های مناسب برای اکتشاف فاژ ۱۰۹

۶-۲-۱ جداسازی از محیط طبیعی ۱۱۰

۶-۲-۲ منابع متداول برای جداسازی فاژهای درمانی ۱۱۱

۶-۲-۳ جداسازی از لیزوژن‌ها ۱۱۲

۶-۲-۴ محیطهای دیگر ۱۱۳

۶-۳ مورفولوژی پلاک بیانگر ویژگی‌های متنوع باکتروفاژ ۱۱۵

۶-۴ جداسازی صنعتی فاژ ۱۱۹

۶-۵ رویه‌های جداسازی دیگر برای تأثیر بر محدوده میزبان ۱۲۰

۶-۶ روشی برای تولید بی‌خطر باکتریوفاژها ۱۲۲

فصل ۷: ابزارها، امکانات و پروتکل‌های لازم برای اکتشاف فاژ ۱۲۷

۷-۱ تجهیزات دستگاهی ۱۲۷

۷-۲ مسیر متداول اکتشاف ۱۲۸

۷-۳ پروتکلها ۱۳۰

۷-۳-۱ جمع آوری و پردازش نمونه‎‌های محیطی باکتریوفاژ [۲۰۳] ۱۳۰

۷-۳-۲ بررسی حضور نمونه‌های محیطی حاوی باکتریوفاژ [۲۰۳] ۱۳۳

۷-۳-۳ غنی‌سازی نمونه‌های حاوی باکتریوفاژ [۲۰۶] ۱۳۶

۷-۳-۴ خالص‌سازی پلاک باکتریوفاژ ۱۳۸

۷-۳-۵ دستورالعمل تهیه لیزات با تیتر فاژ بالا ۱۴۱

۷-۳-۶ استخراج Genomic DNA ۱۴۴

۷-۳-۷ شمارش باکتریوفاژ ۱۵۴

۷-۳-۸ دستورالعمل انجام آزمون نقطه‌ای (spot assay) [۲۱۴] ۱۵۸

۷-۳-۹ آزمون کارآمدی پلاک‌گذاری [۲۱۵] ۱۵۹

۷-۳-۱۰ آزمون کشت کشنده پلانکتونیک [۲۱۵] ۱۶۰

۷-۳-۱۱ آزمون بیوفیلم [۲۱۵] ۱۶۲

۷-۳-۱۲ ذخیره سازی باکتریوفاژها ۱۶۴

فصل ۸: مطالعات فارماکولوژیک و آزمایش‌های لازم برای تأیید فاژدرمانی ۱۶۷

۸-۱ مطالعات فارماکولوژیک ۱۶۸

۸-۱-۱ فارماکوکینتیک فاژدرمانی ۱۶۹

۸-۱-۲ فارماکودینامیک فاژ ۱۷۳

۸-۲ مقررات درمان فاژی در کشورهای مختلف ۱۷۷

۸-۲-۱ فاژ درمانی در روسیه ۱۷۸

۸-۲-۲ فاژ درمانی در آمریکا ۱۷۹

۸-۲-۳ فاژدرمانی درکشورهای اروپایی ۱۸۰

۸-۲-۴ فاژدرمانی درکشور چین ۱۸۰

۸-۲-۵ چشم‌انداز رگولاتوری فاژدرمانی در آینده جهان ۱۸۱

۸-۳ روند و تأییدیه‌های لازم برای صدور مجوز کارآزمایی بالینی فاژدرمانی ۱۸۱

۸-۴ روش اجرایی استاندارد اکتشاف تا بالین ۱۸۴

فصل ۹: نتیجه‌گیری و جمع‌بندی ۱۸۷

۹-۱ نتیجه‌گیری و تحلیل نهایی ۱۸۷

۹-۲ پیشنهادات و دورنمای تحقیقاتی در ایران ۱۹۱

منبع‌ ۱۹۳