مقدمه ناشر 5

پیشگفتار 11

فصل 1: باکتریوفاژ و فاژدرمانی 13

1-1 تعریف و چیستی باکتریوفاژ 13

1-2 اهمیت فاژدرمانی 14

فصل 2: مبانی نظری و پیشینه تحقیقاتی 17

2-1 اجزا و ساختار باکتریوفاژ 17

2-2 بررسی نظری نحوه عملکرد باکتریوفاژ و فاژدرمانی 19

2-3 تاکسونومی و طبقه‌بندی باکتریوفاژها 25

2-4 تاریخچه و تکامل فاژدرمانی 27

فصل 3:  بررسی کاربردی فناوری فاژ و فاژدرمانی 29

3-1 کاربردهای باکتریوفاژ 29

3-2 کاربردهای مورد تصور در آینده‌ 34

3-3 نمونه‌های تجاری موفق محصولات مرتبط با باکتریوفاژ 37

فصل 4: مطالعه ساختار، عملکرد و تکامل باکتریوفاژ 41

4-1 جزئیات ساختاری باکتریوفاژها 41

4-2 حرکت فاژها و نحوۀ آلوده‌سازی باکتری‌ها 45

4-2-1 حرکت فاژها 48

4-2-2 آلوده‌سازی باکتری‌ها 49

4-2-3 اتصال برگشتپذیر 50

4-2-4 اتصال برگشتناپذیر 52

5-2-4 ایمنی یوکاریوت‌ها نسبت به باکتریوفاژها 58

4-3 انواع عفونت‌های باکتریوفاژی: سازنده، کاهشی و تخریبی 59

4-3-1 عفونت‌های سازنده باکتریوفاژ 59

4-3-2 عفونت‌های کاهنده یا کاهشی باکتریوفاژ 60

4-3-3 عفونت‌های تخریبی باکتریوفاژ 61

4-4 تکامل همراه باکتریوفاژ-باکتری 63

4-4-1 مکانیسم‌های مقاومت باکتریایی نسبت به باکتریوفاژ لیتیک و مقابله فاژ با آن 63

4-4-2 ملاحظات تکاملی در فاژدرمانی 72

فصل 5: بررسی بوم‌شناختی و ایمنی‌شناختی 77

5-1 مطالعات بوم‌شناسی 77

5-1-1 شیوع باکتریوفاژ در محیط زیست 78

5-1-2 توزیع باکتریوفاژ در محیط 80

5-1-3 دوام ویریون فاژی 81

5-1-4 میل اتصالی ویریون 83

5-1-5 اندازه انفجار باکتریوفاژها 84

5-1-6 کشتن برنده [31] 85

5-1-7 فاژها و باکتری‌های بیوفیلم‌ساز [31] 86

5-1-8 باقیمانده‌های باکتریایی 88

5-2 مطالعات ایمنی‌شناختی 89

5-2-1 ملاحظات ایمنی در انتخاب فاژ برای فاژ درمانی 90

5-2-2 جمع‌بندی ملاحظات ایمنی 94

5-2-3 درمان غیرفعال در مقابل درمان فعال 95

5-2-4 سرنوشت فاژدرمانی با توسعه آنتی‌بیوتیک‌های جدید 97

فصل 6: مطالعات فنی اکتشاف باکتریوفاژ 99

6-1 روش‌های اکتشاف باکتریوفاژ 99

6-1-1 تکنیک‌های اصلی جداسازی فاژ 99

6-1-2 آزمون نقطهای یا Spot assay یا direct spot assay 103

6-1-3 افزایش غلظت فاژها 105

6-1-4  تولید ایزوله‌های خالص 107

6-1-5 خالص‌سازی لیزات و ذخیره‌سازی فاژهای جدا شده 108

6-2 مکان‌های مناسب برای اکتشاف فاژ 109

6-2-1 جداسازی از محیط طبیعی 110

6-2-2 منابع متداول برای جداسازی فاژهای درمانی 111

6-2-3 جداسازی از لیزوژن‌ها 112

6-2-4 محیطهای دیگر 113

6-3 مورفولوژی پلاک بیانگر ویژگی‌های متنوع باکتروفاژ 115

6-4 جداسازی صنعتی فاژ 119

6-5 رویه‌های جداسازی دیگر برای تأثیر بر محدوده میزبان 120

6-6 روشی برای تولید بی‌خطر باکتریوفاژها 122

فصل 7: ابزارها، امکانات و پروتکل‌های لازم برای اکتشاف فاژ 127

7-1 تجهیزات دستگاهی 127

7-2 مسیر متداول اکتشاف 128

7-3 پروتکلها 130

7-3-1 جمع آوری و پردازش نمونه‎‌های محیطی باکتریوفاژ [203] 130

7-3-2 بررسی حضور نمونه‌های محیطی حاوی باکتریوفاژ [203] 133

7-3-3 غنی‌سازی نمونه‌های حاوی باکتریوفاژ [206] 136

7-3-4 خالص‌سازی پلاک باکتریوفاژ 138

7-3-5 دستورالعمل تهیه لیزات با تیتر فاژ بالا 141

7-3-6 استخراج Genomic DNA 144

7-3-7 شمارش باکتریوفاژ 154

7-3-8 دستورالعمل انجام آزمون نقطه‌ای (spot assay) [214] 158

7-3-9 آزمون کارآمدی پلاک‌گذاری [215] 159

7-3-10 آزمون کشت کشنده پلانکتونیک [215] 160

7-3-11 آزمون بیوفیلم [215] 162

7-3-12 ذخیره سازی باکتریوفاژها 164

فصل 8: مطالعات فارماکولوژیک و آزمایش‌های لازم برای تأیید فاژدرمانی 167

8-1 مطالعات فارماکولوژیک 168

8-1-1 فارماکوکینتیک فاژدرمانی 169

8-1-2 فارماکودینامیک فاژ 173

8-2 مقررات درمان فاژی در کشورهای مختلف 177

8-2-1 فاژ درمانی در روسیه 178

8-2-2 فاژ درمانی در آمریکا 179

8-2-3 فاژدرمانی درکشورهای اروپایی 180

8-2-4 فاژدرمانی درکشور چین 180

8-2-5 چشم‌انداز رگولاتوری فاژدرمانی در آینده جهان 181

8-3 روند و تأییدیه‌های لازم برای صدور مجوز کارآزمایی بالینی فاژدرمانی 181

8-4 روش اجرایی استاندارد اکتشاف تا بالین 184

فصل 9: نتیجه‌گیری و جمع‌بندی 187

9-1 نتیجه‌گیری و تحلیل نهایی 187

9-2 پیشنهادات و دورنمای تحقیقاتی در ایران 191

منبع‌ 193