این مجموعه در ۱۵ فصل سازمان‌دهی شده است که با بیان ساده و مثال‌های مختلف علاقه‌مندان را گام‌به‌گام با موضوعات کلیدی حوزه بیوانفورماتیک آشنا می‌کند. از مزیت‌های این راهنمای جامع این است که در فصول مستقل تلفیق مناسبی از اطلاعات بیولوژی نحوه تجزیه‌وتحلیل داده‌ها و اسکریپت‌های مربوطه و در نهایت تفسیر خروجی‌ها و نتیجه‌گیری‌های مربوطه را انجام می‌دهد. از زیبایی‌های ساختاری کتاب این است که آناتومی داده‌های مختلف ژنومی و ترانسکریپتوم را به خوانندگان توضیح داده و سعی دارد که استنباط‌های کاربردی را از دل شلوغی ا و تراکم بالای خروجی‌ها بیرون بکشد.

فصل ۱: مقدمه   
فصل ۲: مقدمه ای بر R   معرفی زبان برنامه نویسی   R   
فصل ۳: مقدمه‌ای بر لینوکس و کاربرد آن در تحقیقات زیستی   
فصل ۴: روش‌های آماری آنالیز داده   
فصل۵: تجزیه و تحلیل جداول داده‌های عددی با استفاده از R    ۹۳
فصل ۶: تجزیه و تحلیل غنی‌سازی عملکردی       
فصل ۷: تلفیق مجموعه داده‌های چندگانه در R   
فصل ۸: تجزیه و تحلیل ریزآرایه با استفاده از نرم‌افزار R   
فصل۹: تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه متیلاسیون DNA  در R   
فصل ۱۰: تجزیه و تحلیل DNA با ریزآرایه‌ها   
فصل ۱۱: کار با داده‌های حاصل از  فناوری توالی یابی   
فصل ۱۲: پروفایلینگ توالی‌های کل ژنوم   
فصل ۱۳: توالی‌های رسوب‌گذاری ایمنی کروماتین   
فصل ۱۴: توالی‌یابی RNA   
فصل ۱۵: توالی‌یابی بی سولفیت