تنوع گونه­ای جزء جدایی­ناپذیر از تمام فرآیندهای اکوسیستم­ است و نقش اساسی بر تداوم خدمات اکولوژیکی بر زندگی بشر خواهد داشت زیرا جنگل متنوع طیف وسیعی از خدمات اکوسیستمی در اختیار زندگی بشر قرار خواهد داد. با این­حال تصمیم گیران به­ندرت تنوع زیستی را در برنامه­های مدیریتی می­گنجانند زیرا توجه به عملکرد تنوع زیستی نیازمند کمّی­سازی پارامترهای آن است. بنابراین اندازه­گیری تنوع شامل محاسبه انواع شاخص­ها و پارامترهای آن است و پژوهشگران نیازمند روش­های دقیق برای ثبت تنوع هستند. این کتاب به­طور اختصاصی بر روی بسته نرم­افزاری R به­منظور کمّی کردن تنوع تمرکز دارد و امکان اندازه­گیری و همچنین پایش پارامترهای تنوع گونه­ای را به نحو مطلوب و آسانی با استفاده از شناخته­شده­ترین و به­روزترین شاخص­ها در اختیار قرار می­دهد. R حاوی محدوده گسترده­ای از تکنیک­های آماری از جمله مدل­سازی خطی و غیر خطی، آزمون­های کلاسیک آماری، تحلیل سری­های زمانی، رده­بندی، خوشه­بندی و غیره و همچنین نرم­افزاری قدرتمند برای ایجاد اشکال گرافیکی و نمودارها است و قابلیت ارائه گرافیکی محاسبات را دارد. این نرم افزار یک زبان برنامه­نویسی و محیطی برای انواع محاسبات آماری و تحلیل داده است. محیطی آزاد، به زبان آماری که دستورالعمل­های اجرایی به صورت دستورهایی تایپ می­شوند و یا در قالب فضای گرافیکی هستند. در دسترس بودن اطلاعات، قابل اجرا بودن در انواع سیستم­های کامپیوتری، فراهم بودن امکان انواع محاسبات گرافیکی مانند شکل­ها، نمودارها و حتی نقشه­های رنگی و بسته­های متعددی برای تحقیق در زمینه­های مختلف علمی، از این محیط نرم­افزار متن باز به­عنوان جایگزینی بسیار مناسب برای نرم­افزارهای تجاری و بسیار گران قیمت و حتی گاهاً غیر قابل دسترس، ساخته است چرا که کیفیت نتایج خروجی آن با نسخه­های تجاری برابری می­کند و به یک محیط برنامه­نویسی برای قوی­ترین محاسبات آماری و گرافیکی تبدیل کرده است. 

فهرست مطالب

مقدمه. ‌ج

فصل اول. ۱

معرفی نرم­افزار R.. ۱

کلیاتی از زبان برنامه نویسی R.. ۱

مزایای استفاده از نرم­افزار R.. ۷

محدودیت­های R.. ۱۲

بسته­ها یا پکیج­ها ۱۳

مراحل نصب نرم­افزار R.. ۱۴

منوی نر­م­افزار R.. ۱۹

فصل دوم. ۲۷

نصب و راه­اندازی بسته­ها در R.. ۲۷

نحوه نصب و راه­اندازی بسته­ها ۲۷

فصل سوم. ۳۱

بسته R Commander ۳۱

معرفی بسته R Commander ۳۱

فهرست نوار ابزار بسته R Commander ۳۳

فصل چهارم. ۴۷

بسته BiodiversityR.. ۴۷

معرفی و نحوه استفاده از بسته BiodiversityR.. ۴۷

نصب بسته BiodiversityR (برای ویندوز) ۴۸

فهرست منو و ابزارهای بسته BiodiversityR.. ۵۶

فهرست اجمالی ابزارها ۶۲

شاخص­های تنوع زیستی در بسته BiodiversityR.. ۶۴

فصل پنجم. ۷۳

تجزیه و تحلیل تنوع زیستی در بسته BiodiversityR.. ۷۳

استفاده از بسته BiodiversityR در تحلیل تنوع زیستی.. ۷۳

مرحله اول: آماده­سازی ماتریس داده ۷۴

مرحله دوم: محاسبه شاخص­های تنوع. ۷۹

فصل ششم. ۷۵

مدل­های مطلوبیت زیستگاه در بسته BiodiversityR.. ۷۵

کاربرد مدل­های مطلوبیت زیستگاه در بسته BiodiversityR (منوی ensemble ...) ۷۵

ایجاد داده­های رستری.. ۱۰۴

منابع.. ۱۱۸

لغت­نامه تشریحی برخی از مهم­ترین توابع، آرگومان­ها و علائم در نرم افزار R.. ۱۲۴